Cuộc sống khi về già của Công chúa đã bị hủy hoại bởi bệnh tật và khuyết tật.[127] Bà ấy đã hút thuốc từ năm 15 tuổi trở hoặc trước đó, và đã tiếp tục hút thuốc trong nhiều năm.[128] Vào ngày 5 tháng 1 năm 1985, bà ấy đã phải cắt bỏ một phần phổi trái; Cuộc phẫu thuật có sự tương đồng với cuộc phẫu thuật của cha bà hơn 30 năm về trước.[129] Năm 1991, bà từ bỏ thuốc lá, mặc dù bà vẫn tiếp tục uống nhiều rượu.[130] Vào tháng 1 năm 1993, bà được đưa vào bệnh viện vì viêm phổi. Bà đã trải qua đột quỵ nhẹ vào ngày 23 tháng 2 năm 1998 tại ngôi nhà nghỉ dưỡng của mình ở Mustique.[131] Đầu năm sau đó, Công chúa bị tổn bỏng nước sôi nặng tại chân trong một tai nạn trong phòng tắm, điều này ảnh hưởng đến khả năng di chuyển của bà ấy đến mức bà cần hỗ trợ khi đi bộ và đôi khi sử dụng xe lăn.[132] Bà đã nhập viện vào ngày 10 tháng 1 năm 2001 do chán ăn và có vấn đề về nuốt, sau một cơn đột quỵ.[133][134] Đến tháng 3 năm 2001, những cơn đột quỵ đã khiến bà bị viễn thị một phần và tê liệt nửa trái.[135] Lần xuất hiện trước công chúng cuối cùng của Margaret là tại lễ kỷ niệm sinh nhật lần thứ 101 của mẹ bà vào tháng 8 năm 2001 và lễ kỷ niệm sinh nhật lần thứ 100 của mợ bà, Công chúa Alice, Nữ công tước xứ Gloucester, vào tháng 12 năm đó.[136]

Công chúa Margaret qua đời trong Bệnh viện Vua Edward VII, Luân Đôn, lúc 06:30 (GMT) vào ngày 9 tháng 2 năm 2002 ở tuổi 71, một ngày sau khi bị một cơn đột quỵ khác dẫn đến các vấn đề về tim.[95][127][137] Hoàng tử xứ Wales bày tỏ lòng kính trọng với dì của mình trong một chương trình phát sóng trên truyền hình.[138][139]

Quan tài của Margaret, được phủ theo tiêu chuẩn cá nhân của bà, đã được đưa từ Cung điện Kensington đến Cung điện Thánh James trước tang lễ của bà.[140] Lễ tang được tổ chức vào ngày 15 tháng 2 năm 2002, Kỷ niệm 50 năm ngày tang của cha bà.[2] Theo mong muốn của bà, buổi lễ là một buổi lễ riêng tư tại Nhà nguyện Thánh George, Lâu đài Windsor, dành cho gia đình và bạn bè.[141] Không giống như hầu hết các thành viên khác trong hoàng tộc, Công chúa Margaret đã được hỏa táng, tại lò hỏa táng Slough.[142] Tro cốt của bà được đặt trong ngôi mộ của cha mẹ bà, Vua George VI và Vương mẫu hậu Elizabeth (người đã qua đời bảy tuần sau Margaret), trong Nhà nguyện Tưởng niệm Vua George VI trong Nhà nguyện Thánh George hai tháng sau.[143] Một buổi lễ tưởng niệm cấp nhà nước đã được tổ chức tại Tu viện Westminster vào ngày 19 tháng 4 năm 2002.[144]